在蛋白质组学与抗体研究中，De Novo测序技术以其不依赖数据库、可还原完整蛋白序列的独特优势，成为科研人员和生物医药企业的重要工具。尤其在抗体序列解析、古蛋白重建、新型抗原发现等场景下，De Novo几乎是唯一可行的解决方案。然而，由于该技术涉及复杂的质谱数据解读与算法重建，许多科研人员在项目初期常常存在各种疑问。本文整理出在项目沟通中最常被问到的七大问题，并提供专业解析与建议。

Q1：De Novo测序到底能不能保证“100%准确”？

答案：理论上不能，实际上可以非常接近。

De Novo测序依赖的是肽段的质谱碎片图谱，准确性受限于：

（1）酶解覆盖度

（2）MS/MS碎片质量

（3）同位肽异构体分辨能力

在理想条件下（多酶酶解、高分辨率仪器、人工校核），可实现95%以上的序列还原准确率。CDR等关键区域通常会被重点覆盖与校验。百泰派克生物科技在项目中采用双平台并行+人工验证+结构建模辅助策略，确保提供的序列具备重组表达和功能复现能力。

Q2：必须使用纯化蛋白样本吗？能不能从血清或细胞上清直接测？

答案：不是必须，但推荐尽量纯化。

De Novo测序的前提是对目标蛋白进行高质量的酶解与碎片采集。在复杂背景下直接测定会引入大量干扰肽段，尤其是抗体中的轻链重链含量远低于其他血浆蛋白（如白蛋白、免疫球蛋白家族成员）。

百泰派克生物科技可提供：

（1）蛋白A/G亲和纯化

（2）SDS-PAGE或SEC预纯处理

（3）特异性抗体pull-down技术

以确保即使是从血清、组织液或低表达细胞中，也能获得适用于De Novo测序的高纯度样本。

Q3：只要一台高分辨率质谱仪就能做De Novo了吗？

答案：不止仪器，算法和经验同样关键。

虽然Orbitrap、TOF等高端仪器能提供精准的碎片信息，但De Novo真正的难点在于：

（1）多酶酶解策略设计

（2）片段重叠拼接逻辑

（3）近似肽段的错配纠正

（4）数据后处理与人工干预能力

百泰派克使用自研算法融合主流软件（PEAKS、pNovo、Novor等），结合人工审校机制+结构模板匹配分析，实现从原始MS数据到可表达序列的完整转化。

Q4：De Novo能不能识别蛋白质的翻译后修饰（PTMs）？

答案：可以，但需要特别设计实验流程。

常见的翻译后修饰包括糖基化（N-型、O-型），磷酸化、甲基化、乙酰化，氧化、脱酰胺等。在De Novo测序中，修饰位点会影响碎片图谱的质量与解读算法的判断，因此需要：

（1）提前告知目标修饰类型

（2）选用适当的富集策略（如HILIC、IMAC）

（3）启用修饰搜索参数

Q5：CDR区这么关键，能确保100%还原吗？

答案：CDR还原准确性是核心评价标准。

抗体的互补决定区（CDR）是与抗原结合的关键结构，其序列高度多变，往往在公共数据库中无匹配项，因此只能依赖De Novo重建。我们通常采用：

（1）多种酶组合（Trypsin + Chymotrypsin + GluC）

（2）酶解重复覆盖

（3）CDR特异性富集算法

（4）与抗体结构模板进行序列预测交叉验证

从而实现对CDR的高准确率识别与还原，在多数项目中可达到CDR区95%以上的覆盖与100%功能还原。

Q6：如果我手头只有10 µg蛋白，还能做De Novo吗？

答案：可以，但建议>20 µg更稳妥。

现代高灵敏度质谱仪器已可在低样本量条件下进行MS/MS采集，但：

• 样本越少，酶解重复性与覆盖度下降
• 特异性修饰或微量异构体信息可能遗漏

百泰派克已建立低样本量De Novo测序流程，支持：

* 10 µg起始量的全序列解析

• 特殊样本的微量富集（如IP抗体）
• “多轮重复 + 信息整合式解读”策略

Q7：项目周期多久？我多久能拿到抗体完整序列？

答案：标准项目为3-4周，急件可加速至10个工作日。

项目周期受以下因素影响：

• 样本复杂度（纯化程度、修饰情况）
• 是否需要PTM图谱、结构建模等增值内容
• 是否需重组表达与功能验证

百泰派克生物科技提供多种项目优先等级选择，技术团队支持从样本接收、项目设计、数据解读到下游表达一体化服务，确保您最快拿到可复现、可表达的抗体序列信息。

百泰派克生物科技：从De Novo到功能验证的一站式服务平台

作为质谱驱动的抗体研究服务提供商，百泰派克生物科技已累计完成200+例高难度De Novo抗体测序项目，包括：

* 临床来源多克隆抗体序列重建

• 疫苗免疫小鼠B细胞抗体谱图解析
• 专利抗体重建与结构比对验证
• 特殊修饰抗体（如糖基化）全序列图谱重建

我们坚持以“算法+经验+验证”三位一体的方法学策略，解决每一例高复杂度挑战，为科研客户提供真正可靠的技术支持。De Novo测序是一门技术壁垒高、数据处理复杂、解释自由度大的技术。理解其原理与边界，是每一位科研人员在项目启动前应掌握的基础。我们希望本篇常见问题解析，能够帮助您理性判断、精准沟通、科学规划实验流程。如您有样本准备、实验设计或技术细节问题，欢迎添加百泰派克技术顾问微信或访问官网在线留言，我们将第一时间为您提供个性化解决方案。

百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

4.七大质量控制检测平台，满足您一站式服务需求；

5.服务3000+企业，10000+客户的选择；

6.致力于为您提供优质的生物质谱分析服务!

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